朱允炆从小聪明好学,极其孝顺,十四岁时,太子朱标生病,朱允炆小心伺候,昼夜不离开一步。
洪武二十五年(1392年)朱标病死,朱允炆守孝时因过度哀伤而消瘦,朱元璋安慰说:“而诚纯孝,顾不念我乎”。
九月,朱允炆被立为皇太孙。
太子朱标性格仁厚,对刑狱的判决多以减省为主,朱允炆也延续了朱标的宽大政策。
洪武二十九年,朱允炆向明太祖请求修改《大明律》,他参考《礼经》及历朝刑法,修改了《大明律》中七十三条过分严苛的条文,深得人心。
洪武三十一年(1398年)闰五月,明太祖朱元璋驾崩,朱允炆即皇帝位,大赦天下,以次年(1399年)为建文元年。
朱允炆把三位文臣引为心腹,六月,命兵部侍郎齐泰为兵部尚书,翰林院修撰黄子澄为太常卿,共同参军国事,七月,召汉中府教授方孝孺为翰林院侍讲。
同时下诏行宽仁之政,赦免有罪之人,蠲免百姓拖欠的赋税。
建文元年(1399年)春正月,朱允炆大祀天地于南郊,奉太祖配,修《明太祖实录》;二月,追尊其父朱标为孝康皇帝,庙号兴宗,嫡母常氏为孝康皇后。
尊其生母吕氏为皇太后,册妃马氏为皇后。
封其弟朱允熥为吴王,朱允熞衡王,朱允熙为徐王,立皇长子朱文奎为皇太子。
朱允炆还诏告天下,求贤访能,推行一系列有利于民生的措施,赐给年老的百姓米肉絮帛等物资,令官府收养鳏寡孤独废疾者。
同时重农桑,兴学校,考察官吏,赈罹灾贫民,蠲免赋税等,又令侍郎暴昭、夏原吉等二十四人充采访使,分巡天下。
洪武三十一年(1398年)八月,周王朱橚有罪,被废为庶人,流放云南;十一月,命工部侍郎张昺为北平布政使,谢贵、张信掌北平都指挥使司,暗中监察燕王府中事。
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建文元年(1399年)二月,下诏诸王不能节制王府的文武官吏;三月,为了防备封在北平的燕王朱棣,削弱其兵力,朱允炆令都督宋忠、徐凯、耿瓛率兵驻扎在北平周围的开平、临清、山海关,又将北平、永清二卫的军马调至彰德和顺德。
夏四月,湘王朱柏无以自明,自焚而死,齐王朱榑、代王朱桂因罪废为庶人;六月,岷王朱楩有罪,废为庶人,流放漳州。
在建文削藩的过程中,朱棣也为起兵造反做了充分的准备,建文元年(1399年)六月己酉,燕山左护卫千户倪谅将朱棣密谋兵变的消息上报,朝廷下诏逮捕燕王府官僚,旗校于谅等人因此被诛杀,而北平都指挥张信则背叛朝廷,投降了朱棣。
建文元年秋七月(1399年8月),燕王朱棣誓师抗命,下谕将士,打着“清君侧”旗号起兵“靖难”,史称“靖难之役”。
建文朝廷和燕王之间开始了一场持续三年的军事对峙。
靖难之初,燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人;除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。
南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军,拥有全国的经济,并且已经废除了几个藩国,朝鲜国王李芳远都公开表示支持朱允炆打燕王。
但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。
随着战争时间的延长,朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。
直至节节败退,许多将领投降了燕王。
建文四年(1402年)五月二十日,朱棣率师抵达长江北岸的南京龙江驿,朱允炆无力抵抗,只得下罪己诏,并派庆成郡主(庆阳公主)与朱棣谈判,以割地为条件要求停战议和,但没有成功。
同时,朱允炆颁布勤王诏书,下令天下勤王:“朕奉皇祖宝命,嗣奉上下神只,燕人不道,擅动干戈,虐害万姓,屡兴大兵致讨。近者诸将失律,寇兵侵淮,意在渡江犯阙,已敕大将军率师控遏,务在扫除,尔四方都司、布政司、按察使及诸府卫文武之臣,闻国有急,各思奋其忠勇,率慕义之士、壮勇之人,赴阙勤王,以平寇难,以成大功,以扶持宗社。呜呼!朕不德而致寇,固不足言,然我臣子其肯弃朕而不顾乎?各尽乃心,以平其难,则封赏之典,论功而行,朕无所吝。故兹诏谕,其体至怀!”
六月十三日,朱棣抵达金川门下。
谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降,京师遂破。
燕兵进京,在燕王军队抵达后的一场混战中,南京城内的皇宫大院起了火。
当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸,已经不能辨认,据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。朱棣登位后,处死忠于建文的诸臣,史称“壬午殉难”。
在财政方面,建文朝廷也制定了一些新措施,以减轻前朝某些过重的税收。
其中最重要的是减少了江南的过度的土地税,尤其是减少了富庶的苏州和松江这两个府的土地重税。